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其中海军都督府是朱由榔所提议设立的，这是他打算留给郑成功的位置，毕竟之前他已经封郑成功为左都督，现在降人家官肯定不合适，干脆给郑成功专门设立一个官职衙门。而且在朱由榔的初步设想中，北伐满清，郑成功的水师将会有极大作用，独设一军也是早晚的事。
而其中的长史一职便是朱由榔所提出的驻军文官，他还指定首辅瞿式耜为首任大都督府长史，并且以此为成例，日后大都督府长史均由内阁首辅兼任。
到这里，这个光复军的编制与之前明廷军制差距还不大，关键在于五个都督府之下。
由于废除卫所，每个都督所辖部队便不再以卫所区分，而是直接以一个新单位“师”为单位。
每都督辖前后左右中五师，师主将为总兵（正三品），以副将、参军为佐（从三品）。
每师又辖若干营（无定数），营主将为参将（正四品）或游击（正五品），以参佐、主簿为副（正五品或正六品）。
其中参将为师的常备主力部队，而游击则类似于后世“独立师”、“独立团”的侧翼部队。
再往下就是按照此时明军募军的一般编制，由哨总、把总、千总之类的辖制了。
除了编制之外，朝廷还重新理清了各品级武将所应授予的散阶，比如各师正三品总兵授予昭勇将军衔，正四品参将授明威将军衔，这就类似于后世军衔制度了。
除了编制问题以外，就是扩军工作了，有了一百万两银子底气的朱由榔出手也阔绰了许多，先拿出十五万两银子出来，由兵部官员出面，让亲军配合在肇庆、梧州、广州、惠州、潮州等地设卡征募青壮士卒。
以明朝后期的募军待遇，应征就给五两安家银，入伍后又给饷银每月七钱，一年约九两。
而与此同时进行的则是裁撤解散军中四十岁以上老
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